建設三峽工程是中華民族的百年夢想。從1919年孫中山先生提出修建三峽大壩的設想到1992年七屆全國人大五次會議審議通過《關于興建長江三峽工程的決議》，經歷了73年漫長曲折的抉擇過程。目前，三峽工程已基本建成，成為當今世界最大的水利樞紐工程，并作為治理和開發長江的關鍵性骨干工程，開始發揮防洪、發電、航運等巨大的綜合效益。
根據國務院領導批示，國務院三峽辦委托中國工程院啟動了“三峽工程論證及可行性研究結論的階段性評估”工作。該項工作將客觀評估三峽工程發揮的綜合效益和存在的問題，探索還需要深入研究的問題，指導工程今后的建設和長期運行。中國工程院原院長徐匡迪擔任評估項目領導小組組長，領導小組下設專家組，并分地質地震、水文防洪、泥沙、生態與環境、樞紐建筑、航運、電力系統、機電設備、財務經濟和移民10個評估課題組。
該項目在各相關部門、科研機構和有關專家的大力支持和不懈努力下，在實地考察與調研、認真分析相關歷史文獻、研究工程建設實際情況和相關資料、廣泛聽取意見的基礎上，形成了10個課題評估報告；在課題評估成果的基礎上，專家組經過反復交流與研討，多次修改和完善，形成了項目綜合評估報告，并于2009年4月征求了相關單位的意見。根據反饋的意見，專家組又對評估報告作了進一步的修改和完善。
本著實事求是的科學態度，評估報告不僅對三峽工程原論證及可行性研究的結論進行了客觀的評估，對三峽工程相關的熱點問題進行了科學的分析，而且還認真總結了三峽工程建設的基本經驗，提出了需要進一步關注的問題和今后工作的建議。
此次階段性評估認為，三峽工程的論證與興建，貫徹了科學論證、科學決策、科學建設和科學管理，體現了科學發展觀的精髓與理念；三峽工程的建成，除工程本身的巨大效益外，還促進了科技進步和自主創新能力的提升，帶動了區域經濟和多個行業的發展，更重要的是培養和造就了一大批優秀的工程科技人才和工程管理人才，為未來的建設和發展奠定了堅實的基礎，對我國經濟社會的發展具有重要的戰略意義。
2009年7月，國務院有關領導聽取了項目評估成果的匯報，并對評估報告和評估工作給予充分肯定和高度評價。會后，項目組對評估綜合報告和各課題報告再次進行修改和完善。
該階段性評估報告匯集了“三峽工程論證及可行性研究結論的階段性評估”項目綜合報告和10個課題評估綜合報告，是項目評估成果的綜合集成，凝聚著參與項目評估工作各位院士、專家的睿智、心血和汗水。
隨后發布的《三峽工程階段性評估報告·綜合卷》表示，三峽不會成為“第二個三門峽”；川渝大旱與暴雨和三峽工程沒有必然聯系；汶川地震并非三峽水庫蓄水觸發；庫區地質災害是可以控制的；三峽蓄水后，長江中下游河勢總體未發生巨大變化。
該報告認為，目前亟待關注的問題有三峽水庫及其支流的水質和庫區的生態環境問題、三峽庫區的移民安置和經濟社會發展問題、庫區地質災害問題、優化調度及其與干支流各水庫的聯合調度問題等。同時，對三峽庫區經濟社會發展模式的定位、繼續做好移民穩定致富、保護和建設庫區生態環境、進一步發揮三峽工程綜合效益、妥善安排和做好三峽的后續工作、建設長江水資源統一調度系統等問題提出了具體建議。